インデックスファンドの売買は、バスケットとして証券会社に見積もりを出させ、好条件を提示したところに発注することが殆どである。形としては相対取引になる。
証券会社にとっても、売買取扱高を稼げるので、普通に市場へ発注する委託取引（エージェント取引）と比べてかなりファンド側にとって有利な条件を提示してくることが多い。

なお、このような相対取引の場合は、債券の取引などと同様に、売買価格そのものの中にコストが織り込まれた形になる（市場発注（エージェント取引）のように、売買手数料が別途切り出された形で取引するわけではない）。
運用報告書の費用明細の中に、有価証券取引手数料という項目があるが、ここに記入されるのはエージェント取引など手数料が切り出して表示される取引で発生した費用だけである。バスケット取引のように、売買価格の中に織り込まれているコストは表示されない。
従って、運用報告書の費用明細を見ても、実は、真の実質コストが見えるわけではない。